Déroulement
Une EIE comporte plusieurs phases :
L'enquête préliminaire(EP) a pour objectif de séparer ce qui est important de ce qui ne l'est pas et de recueillir toutes les données environnementales existantes. A ce stade, il convient d’identifier les domaines de l’environnement pour lesquels le projet a des impacts nuls ou faibles et ceux à étudier de manière plus approfondie. Pour ces derniers, l'enquête préliminaire ne doit pas apporter des réponses définitives, mais garantir que ces questions seront prises en considération et traitées de manière adéquate dans le cadre de l'enquête proprement dite.
S’il est évident que la réalisation du projet aura des impacts sur l'environnement et si les données environnementales sont insuffisantes au stade de l’enquête préliminaire, cette dernière contiendra un cahier des charges (CC) pour le rapport d’impact. Ce document a pour but d'identifier, pour chaque domaine de l’environnement, les données manquantes ainsi que le besoin d'études complémentaires ou d'approfondissement, de préciser les méthodes à utiliser, de définir les détails des investigations, etc. afin de pouvoir évaluer l’impact du projet.
Si, au contraire, l'enquête préliminaire montre que la réalisation de l'installation n'affectera pas l'environnement de manière sensible, et si toutes les questions posées trouvent une solution dans cette phase de l'étude, il n'est pas nécessaire de procéder à l'enquête proprement dite. On peut alors proposer que l'enquête préliminaire constitue le rapport d'impact sur l'environnement (RIE) (art. 8a al.2 OEIE).
Dans tous les cas, l'enquête préliminaire ou le cahier des charges est évalué par le service spécialisé de la protection de l'environnement, selon l’article 12 OEIE. Le document ainsi que le préavis de synthèse du service spécialisé sont mis en consultation publique pendant un délai de 30 jours pour d'éventuelles observations.
Il existe également des EIE en plusieurs étapes. En effet, pour certaines installations, les procédures fédérales ou cantonales se réalisent en plusieurs étapes. Ceci signifie que le projet fait l’objet de plusieurs procédures successives (par exemple octroi d’une concession, puis approbation des plans, demande préalable en autorisation de construire, puis demande définitive, approbation d’un plan de quartier, puis demande définitive en autorisation de construire, etc.). Chacune d’entre elles doit permettre à l’autorité compétente d’obtenir toutes les informations dont elle a besoin pour pouvoir se prononcer au terme de la procédure en question.
Pour ces projets, une EIE est nécessaire lors de chaque étape, c’est-à-dire pour chaque procédure. Aussi, pour alléger ces longues procédures, il est convenu que le rapport d'impact d'une étape fait office de rapport d'enquête préliminaire pour l'étape suivante. La démarche est donc la suivante :
| 1ère étape | réalisation de l’enquête préliminaire et du cahier des charges pour le rapport d'impact, puis réalisation du rapport d'impact et du cahier des charges de l'étape suivante |
| 2ème étape | réalisation du rapport d'impact et du cahier des charges de l'étape suivante |
| 3ème étape | réalisation du rapport d'impact |
La difficulté majeure avec les EIE en plusieurs étapes réside dans la délimitation, à chacune des étapes, des éléments d'étude, respectivement des atteintes à l'environnement. La pratique montre que le choix des éléments à traiter devrait être effectué de cas en cas en collaboration avec le service spécialisé de la protection de l'environnement, sur la base d'une enquête préliminaire avec élaboration d'un cahier des charges pour le rapport d'impact 1ère étape.

